Notes
笔记
生物信息、AI 工具、项目复盘、求职准备和日常学习记录。
Topic
模板
收集 Markdown、数学公式、排版测试和写作规范，作为发布前的样式与内容模板。
- 数量
- 1
- 最近更新
- 2025-06-01
Topic
科研笔记
围绕科研任务、文献阅读、Prompt 模板和生信分析过程，沉淀可复查的学习记录。
- 数量
- 9
- 最近更新
- 2026-04-10
Topic
站点建设
记录个人博客、求职主页和内容系统的设计过程，关注信息结构、交互和长期维护。
- 数量
- 2
- 最近更新
- 2026-04-13
科研笔记 2026 / 03 / 22
如何设计一个安全的 SiYuan API Agent Skill
复盘 siyuan-api skill 的设计：为什么坚持本地端点、接口白名单、受限 SQL，以及安全边界仍然遗漏了什么。
科研笔记 2026 / 03 / 14
从通用代码 Agent 到生命科学工作流：一次多 Agent 架构草案
把多 Agent 系统拆成协调、质控、检索、数据工程、组学分析与溯源角色，并讨论科研场景中比角色命名更重要的交付契约和验证门。
科研笔记 2026 / 02 / 06
从 10 分钟到 1 分钟：一次 fasterq-dump 转换测试
整理一次约 9 GB SRA 文件的转换记录，并把线程、临时空间、I/O 和输出校验归纳成可复用的下载检查清单。
科研笔记 2025 / 02 / 13
让模型理解 GEO 实验设计：样本分组训练数据怎么构建
从 GSE/GSM 元数据出发，把自动分组问题拆成变量抽取、候选配对、约束校验和研究级验证，而不是让模型直接猜实验组与对照组。
站点建设 2024 / 10 / 25
从 Hugo 到 Astro：我的科研个人网站迭代史
从 2024 年挑选 Hugo、MkDocs 和导航站方案，到后来用 Astro 重建内容系统：网站建设真正困难的是内容结构，而不是主题选择。
科研笔记 2024 / 07 / 01
当 6 个样本跑出 AUC=1：一次小样本建模复盘
回看一次 6 个样本、约 90 个候选特征的弹性网络分析：为什么完美 AUC 更像警报，而不是可以直接汇报的成果。
科研笔记 2022 / 09 / 22
单细胞 RNA+ATAC 联合分析：从双模态对象到 WNN
复盘一份 2022 年的 Seurat/Signac 分析脚本，解释 RNA、ATAC 和加权近邻整合的关键步骤，以及原始脚本需要补足的可复现信息。